전 개발자인데요..
지금 아이폰 ios6에서 똑같은 상황을 겪고나서
해결방법을 찾았습니다.
아이폰에서 설정을 해주는 부분은 없는것 같구요..
개발자가 소스에서 수정을 해주어야 합니다.
보통 서블릿에서 파일을 내려보내줄 때
response.setContentType("application/octet-stream");
이렇게 붙여주는데 이렇게 하면 갤럭시와 ios5 에서 파일명 그대로 받을 수 있습니다.
그런데 ios6에서는 확장자를 지정하지 않았다해서 임의의 .exe를 붙여주는것 같더군요..
그래서
if (확장자가 pdf)
response.setContentType("application/pdf");
이렇게 지정해주니 ios6에서 파일명 변경이 없었습니다.